1. Очников и заочников одного профиля  нужно подписывать на один курс или создавать для них разные курсы?
        Да, на один курс по соответствующему направлению. Внутри курса их можно группировать по разным группам и разводить из права по доступу к предназначенным им ресурсам курса.
2. Как подписать студентов-выпускников на курс автоматически (группой), а не каждого вручную?
        Выпускники уже должны быть подписаны к предназначенным им курсам. Проверьте, пожалуйста.
3. Как подписать на курс членов комиссии - штатных работников университета?
         Сейчас производится их подписка в соответствие с приказами об их назначении.  
         Для сторонних членов ГЭК надо представить сведения о них в ресурс Списки членов комиссий из сторонних организаций